Interimsstyret i Tromsø ble oppnevnt 17. januar 1969. Stående fra venstre: Professor Harald Skjervold, museumsdirektør Ørnulv Vorren, dr. philos Olav Holt, formann og professor Peter F. Hjort, cand. Mag. Harald Mehud. Sittende fra venstre: Professor Knut Dahl Jacobsen, professor Anders Omholdt og sivilingeniør Lasse Efskind. FOTO: Karl A. Roman jr. Tromsø Museum – Universitetsmuseet
Det måtte utnevnes et interimsstyre som kunne lede prosessen fram mot et universitet. Legen Peter F. Hjort fra Oslo ble spurt om å være formann i styret, og reiste til Tromsø for å se hvilken jobb han hadde blitt tilbudt. Etter å ha besøkt sykehuset, de etablerte vitenskapelige institusjonene, kommunen og fylkesmannen, var Hjorts konklusjon klar; oppgaven med å opprette universitetet var sterkt undervurdert. Han var en av få leger som i forkant av opprettelsen hadde støttet både et universitet og en medisinutdanning i Tromsø.
I et brev til Kirke- og undervisningsdepartementet skrev Hjort ned sine vilkår for å ta på seg jobben som leder av interimsstyret. Først og fremst mente Oslo-legen at universitetet ville bli veldig mye dyrere og mer arbeidskrevende å opprette enn antatt. Bare den medisinske universitetsklinikken ville koste ti ganger mer enn de tidligere anslagene for hele medisinutbyggingen. I tillegg mente han at universitetet, med sykehuset på slep, på sikt måtte flyttes ut av sentrum, noe som også ville bli svært kostbart. Dette i tillegg til at et universitet også kom til å kreve husbygging, skole- og kulturtilbud og et attraktivt lønnsnivå. På toppen av det hele måtte det legges til rette for utvikling av attraktive faglige miljøer. Hjort ble kalt inn til møte på statsministerens kontor i januar 1969, med både sosialminister og finansminister til stede. De gjorde det klart at regjeringa ville gå inn for planene, og var innforstått med kostnadsrammene Hjort hadde skissert.
Interimsstyret utarbeidet en provisorieplan for utbyggingen. Tanken var at arbeidstrykket måtte holdes oppe for at universitetet ikke skulle miste politisk og økonomisk støtte, og at virksomheten derfor måtte starte raskt i provisoriske lokaler. I 1970 fikk Hjort tilslag for provisorieplanen, dermed kunne utbyggingen starte med regjeringens fulle støtte.
Hjort var leder av interimsstyret fram til han ble valgt som rektor ved universitetet i 1972. Denne rollen hadde han frem til 1973 da han frasa seg rektorvervet fordi han ikke hadde full støtte blant studentene .