Instituttet har svært sterke forskningsmiljø innenfor språkvitenskap og lingvistikk og er vertskap for et eget senter for språk, hjerne og læring Center for Language, Brain and Learning (C-LaBL). Senteret finansieres av Trond Mohn forskningsstiftelse og UiT. Instituttet har to toppforskningsgrupper: Språktilegnelse, variasjon og språklig attrisjon med fokus på norske kontekster (AcqVA-Nor) og Cognitive Linguistics: Empirical Approches to Russian (CLEAR). I tillegg kommer forskningsgruppene Giellatekno (Samisk språkteknologi) og Det flerspråklige nord: Mangfold, utdanning og revitalisering (MultiNor). Innen litteraturvitenskap, kunsthistorie og medie- og dokumentasjonsvitenskap har instituttet følgende forskningsgrupper: Arctic Voices, Engaging Conflicts in a Digital Era (ENCODE), Health, Art and Society (HAS), Interdisciplinary Phenomenology (IP), Pax Slavia in FLux: European Contexts (PSIF) og Worlding Northern Art (WONA).

Instituttet har videre følgende forskningsnettverk: Libraries, archives and museums in the community (LAMCOM), Marginalization in Early Modern Spain: Theories and Practices (MEMS), Samisk språktilegnelse og -revitalisering (SámGOE), The Hamsun/Ibsen Network, Narrating the High North og Didaktikk for samisk og kvensk språk og litteratur (DISK).