Freie Universität ble opprettet I 1948 på initiativ fra studenter og professorer som ble forfulgt på grunn av sin systemkritikk av det daværende Universität Unter den Linden, den gang beliggende i den sovjetiske sonen av den delte byen. I 2007 fikk universitetet som én av ni i Tyskland statlig og føderal støtte under the Excellence Initiative, også ved neste tildeling i 2012. I dag er Freie Universität en av elleve fremragende universiteter i Tyskland med 31500 studenter, 4350 ansatte, 11 institutter og felles medisinstudium med Humboldt universitet.