Av større forskningsprosjekt ved samlinga kan nevnes
Kolasamisk Musikalsk Tradisjon
Det blei i perioden 1994-97 samla inn store mengder samisk joik fra Kolahalvøya i prosjektet Kolasamisk musikalsk tradisjon. Prosjektet var finansiert av Nordisk Ministerråd (NOS-H) og hadde deltakere fra Norge, Russland, Finland og Estland. Arbeidet ble initiert og ledet fra Nordnorsk Folkemusikksamling, Tromsø Museum.
I samarbeide med Global Music Center i Helsinki blei det gitt ut en dobbel-CD med skoltesamisk materiale fra dette prosjektet, sammen med ei bok, ”Son vuäinn”, 2007. Tromsø Museum har kjøpt inn 200 eksemplarer og planlegger å oversette teksten til russisk og så dele ut gratis til alle skoler på Kolahalvøya som har samiske skolebarn, og til samiske organisasjoner, bibliotek, kulturhus og andre interesserte institusjoner for å støtte den lokale samiske kulturen.
Positivslåtter
Det finnes bevart store mengder notemateriale etter lokale positivmakere i Susendal. Disse notene er skrevet med en helt egen siffernotasjon. I samarbeid med Marit Mikkeljord i Susendal arbeides det med å få overføre disse gamle positivnotene til vanlig noteskrift. Prosjektet støttes av Norsk Kulturråd og Nordland fylke. Arbeidet med positivtradisjonen har bl.a. resultert i en artikkel ”Det positive Helgeland”, Ottar nr. 5, 2002.
Sjøsamisk joik
Det har i en årrekke vært arbeidet med innsamling og dokumentasjon av en lokal sjøsamisk joiketradisjon i Måsøy kommune i Finnmark. Dette arbeidet resulterte i ei akademisk avhandling ”Joik på nordkysten av Finnmark”, Tromsø Museum 2001. Avhandlinga foreligger i en omarbeida, forkorta og forbedra versjon på Davvi Girji forlag, ”Om kjæresten min vil jeg joike”, 2004. Melodieksemplene i boka er lagt ut på denne hjemmesida (se ovenfor). En kort oversikt finnes i artikkelen ”Joik i Snefjord – tradisjon og fornorskning” i Tromsø Museums skrifter XXX, 2003.
Identitetstilskriving i joik
Det har vært arbeidet med spørsmålet om hvordan joik tilskriver individuell, sosial og kulturell identitet på ulike måter og ulike nivå og hvordan joiken fungerer som en identitetsmarkør. ”Mening i joiken – en allmenn teoretisk basis” som er kapittel 6 i ”Om kjæresten min vil jeg joike” (2004), utvikler en teoretisk forståelse av joik basert på semiologisk teori. Synspunktene er videreutviklet i artikkelen ”Kem e du – Om joik som identitetsmarkering” (2005).
Slåttesamling etter Daniel Hægstad
Daniel Hægstad fra Lødingen skreiv ned over 100 slåtter fra Lødingenområdet i ulike manuskripter. Museet har samlet mange av disse manuskriptene, både originaler og kopier. Hele samlinga i bearbeidet form blei gitt ut i 2010 i bokform med lydeksempler på hjemmesida her.
Musikalsk struktur i joik
Det arbeides kontinuerlig med spørsmålet om joikemelodienes musikalske struktur. Et av de større teoretiske arbeidene om dette ble presentert av Andreas Lüderwaldt i hans doktorgradsavhandling ”Joiken aus Norwegen” fra 1976. Heftet ”Andreas Lüderwaldt: Joiken aus Norwegen. En kritikk” fra 1986 viser svakhetene ved hans forståelse av den musikalske oppbygginga. Artikkelen ”Om å forstå joikemelodier. Refleksjoner over et pitesamisk materiale” fra 2007 tar for seg hvordan konstruksjonen av melodier fra Pite-samisk område er blitt misforstått eller ufullstendig forstått tidligere. Dette arbeidet ble fulgt opp i 2012 i artikkelen "Joiker med ett motiv - en etnosentrisk misforståelse?"
Nordnorsk tradisjonsmusikk
I samarbeid med NRK-Nordaførr blei det i perioden januar 1998 – juni 2000 lagd ukentlige program om nordnorsk tradisjonsmusikk. Radioserien resulterte i mye nytt materiale fra lytterne. Boka ”Av det raudaste gull. Tradisjonsmusikk i nord”, gitt ut på Orkana forlag i 2005 har tatt utgangspunkt i disse programmene og utviklet stoffet videre. Melodieksemplene i boka er lagt ut på denne hjemmesida (se ovenfor).
Førkristen samisk joiketradisjon
I mange avhandlinger om førkristen samisk religiøs tradisjon behandles betydningen av seremonitromma (runebomme), mens joikens betydning omtales perifert og mer sjeldent. Prosjektet vil prøve å vise at det viktigste kultiske hjelpemiddel antakelig var joikinga. Arbeidet har resultert i ei upublisert avhandling: ”Joik og runebomme. Hvilken betydning hadde joikinga i de førkristne seremoniene?” 1996. Det er planer å arbeide videre med dette temaet i de neste årene.
Nordnorske religiøse folketoner
Som et langtids forskningsprosjekt arbeides det med religiøse folketoner fra landsdelen. Arbeidet har så langt resultert i et foreløpig og upublisert manuskript ”Nordnorske religiøse folketoner”, 1995.