Tromsøundersøkelsen forvaltes av Institutt for samfunnsmedisin ved Det helsevitenskapelige fakultet.
Tromsøundersøkelsens har en egen driftsorganisasjon som står i spissen for planlegging, koordinering og gjennomføring av de ulike undersøkelsene (Tromsø 1 – 7). Driftsorganisasjonen forvalter data og biologisk materiale samlet inn gjennom de syv undersøkelsene. Tromsøundersøkelsen faglige leder er professor dr.med. Sameline Grimsgaard. Tromsøundersøkelsen ledes av en styringsgruppe og en ledergruppe.